协议离婚分居后，需要如下步骤办理：
1. 确认离婚协议的有效性：要求双方确认离婚协议的有效性，包括协议的真实性、合法性、自愿性和无强迫等方面。如果有一方撤回了同意离婚或存在不利于未成年子女利益的情形，协议就会被视为无效。
2. 提交离婚申请：经确认协议有效后，依法提出离婚申请。要提供离婚协议书、户口簿、身份证、结婚证等相关证明文件。
3. 审核离婚材料：当地婚姻登记机关审核离婚材料，根据当地法律规定，需要缴纳一定的离婚登记费。
4. 离婚登记：审核通过后，按照程序进行离婚登记并签发离婚证。
需要注意的是，协议离婚分居后，双方需要按照协议书约定来执行协议，这样才能避免争执和纠纷。同时，如果协议书中存在模糊不清的地方，建议双方在办理前进行详细沟通和确认，以免产生误解和分歧。
