结婚证是证明一对夫妻合法婚姻关系的重要证件。但如果结婚证丢失，不影响夫妻关系的成立和存在。因此，依据我国婚姻法规定，结婚证丢失并不影响夫妻关系的真实性和法律性，夫妻仍可依法享有婚姻权利和承担婚姻义务。
在这种情况下，如果夫妻双方希望进行协议离婚，仍然需要依据我国婚姻法规定，按照协议离婚的程序和方法进行。具体来说可以按以下流程操作：
1. 夫妻双方就协议离婚事项进行充分协商，包括财产分割、子女抚养等，达成一致意见。
2. 编写协议离婚书，包括协议离婚的原因、协议离婚的具体事项、夫妻双方的签字等信息。
3. 提交协议离婚书及相关证明材料到当地民政局进行登记。
4. 民政局审核通过后，依法办理离婚手续并颁发离婚证书。
需要注意的是，即使在结婚证丢失的情况下，夫妻双方同意协议离婚的过程中，也应尊重自己以及对方的合法权益，不得违背法律法规，如存在分割财产不公等问题，需要在协商中进行解决。
综合来看，在结婚证丢失的情况下，夫妻双方仍可依据我国相关法规进行协议离婚，但在协商的过程中应尊重对方的合法权益，确保协议离婚的合法性。
