违法离婚协议可能会留案底，具体情况要根据法律规定和案件实际情况来确定。
首先，我国《婚姻法》规定，离婚应当依法进行，离婚协议必须符合法律规定并经过法院确认后生效。如果离婚协议违反法律规定，如对子女抚养权、财产分割等法定权利进行不公平分配或者排除或限制对方合法权益，就可能被认为是无效的。此时，如果离婚双方依然按照协议离婚，被认定违法的协议就可能留下案底。
其次，即使离婚协议没有被认为违法，如果在协议达成过程中存在欺诈、胁迫等违法情形，也有可能被认定为无效。在这种情况下，如果协议达成后被发现了违法情况，也有可能留下案底。
最后，如果离婚协议符合法律规定并且没有任何违法情况，那么就不应该留有案底，因为法律保护合法权益和自由意志，而合法的离婚协议是合法权利的体现。
总之，离婚是一项严肃的法律行为，离婚协议的合法性需要得到法律的认可和保护。如果协议违反法律规定或存在欺诈、胁迫等违法情形，就有可能留下案底。因此，离婚协议的起草和签署需要谨慎，如果遇到问题可以寻求法律专业人士帮助。
