协议离婚是指离婚夫妻通过协商达成一致意见，签署离婚协议书并经人民法院审判后离婚。在协议离婚中，夫妻双方需要就财产分割、子女抚养等问题达成协议并在离婚协议中明确约定。
如果离婚后双方发现抚养协议存在问题需要修改，可以采取如下措施：
1.协商修改。双方可以重新商量协议并重新签署抚养协议。如果协商不成，双方可以寻求法律援助，通过调解解决纠纷。
2.向法院申请变更。如果协商无果，双方可以向当地人民法院申请变更抚养协议，由法院进行调解或判决。
在申请变更抚养协议时，应当举证，陈述变更原因，并提供证据，如孩子的性格特点、学习情况、健康状况等，以便法院判决。
需要注意的是，如果变更抚养协议涉及到子女的健康、教育等重要问题，应当先向法院申请临时保护措施，确保子女的权益不受到损害。
总之，协议离婚的抚养权变更需要经过协商或申请变更，由法院进行判决。在处理过程中，要保证子女的权益得到充分保障。
