上海市离婚协议书的存档问题需要根据不同情况进行分析。下面是一些可能的情况和解决方法：
1. 个人离婚协议：如果双方是个人签署的离婚协议书，一般应该找公证处公证，并存档在公证处。未经公证的协议书可能存在争议，无法被法院认可。公证处将协议书存档后，可以随时去公证处查询，也可以在需要时向法院提交公证材料。
2. 法院离婚协议：如果双方是在法院调解下达成的离婚协议，协议书会被法院存档。当事人需要在协议生效后，到法院去领取离婚证书。如果需要协议书的复印件，可以在法院申请，需要支付复印费用。
3. 律师代理离婚：如果双方委托律师代理离婚，协议书应该由律师存档。由于不同律师事务所存档方式可能不同，当事人需要与律师事务所核实具体的存档方法和地点。
总之，离婚协议书应该尽可能地公证或立案存档，以确保它们的合法性和有效性。当事人应该在签署协议时了解相关的法律条款和程序，避免因存档问题而产生麻烦。
