补办拆迁协议所需的费用因地区、具体情况等多种因素而异。一般而言，各地确定的行政许可服务收费标准中，往往包括了改变已经发生法律事实的相关证件、证明、印章、卡片等的办理费用。
根据《国务院关于印发行政许可收费标准和标准制定程序的通知》（财综〔2015〕90号）规定，行政许可收费标准应当实行“物尽其用、服务公民”的原则，费用应当根据行政许可服务的实际成本以及相关政策调整情况等因素综合考虑，保持合理稳定。
还需要说明的是，补办拆迁协议需要具体到案件的情况来结合实际情况进行具体的费用把控。常常由拆迁方或者开发商来出资办理相关手续手工。
为了规避不必要的风险，建议尽可能详细询问当地有关机构或相关机构相关的补办拆迁协议的办理程序、条件以及相关费用。
