拆迁协议补办的费用一般是由当地政府根据相关法律和规定制定的，并根据实际情况进行衡量和调整。具体的补办费用包括以下几个方面：
首先，拆迁过程中的损失赔偿费用，这是拆迁协议中最核心的内容。当拆迁房屋、土地或其他不动产时，涉及到房主、租户等相关人员的利益，需要进行赔偿。针对不同的损失情况，赔偿标准也不同。例如，如果需要拆迁的房屋条件较好且是处于需要保护的历史建筑，那么赔偿费用通常会更高。
其次是相关手续费用，如公证费、律师费等。在补办拆迁协议过程中，需要对相关资料进行公证和法律咨询等，这些费用需要当事人自行承担。
最后，需要考虑的是政府收取的相关工本费和行政收费。政府部门为了运转自身，通常会在办理相关手续时收取一定的行政费用，包括公章费、管理费、归档费等等。
总的来说，拆迁协议补办的费用并无定数，需要根据当地政府制定的相关规定进行衡量。一般来说，在补办拆迁协议时，需要支付的费用是比较高的，建议当事人在进行此项业务时需事先了解相关资讯，确认实际费用，以便更好地进行相关决策。
