是可以的。
结婚档案是国家为了管理婚姻登记才建立的，包括了结婚登记、离婚登记等信息。在离婚时，结婚档案是必须要办理的，只有办理了结婚档案的离婚才合法有效。而协议离婚是指当夫妻双方自愿离婚，事先达成协议，按照协议离婚，不需要诉讼程序的一种离婚方式。也就是说，在离婚时，只要符合法律规定的协议离婚条件，就可以办理协议离婚。
但是需要注意的是，结婚档案只是作为离婚程序中的一环，办理结婚档案并不代表离婚协议就会自动生效，离婚协议的合法性需要符合民法典相关规定。因此，在办理结婚档案的同时，双方还需要制定具体的离婚协议，协议内容需包含离婚协议的主要条款，例如离婚财产的分配、子女抚养与教育问题等。协议达成之后，双方需共同前往婚姻登记机关，进行结婚档案的办理，待结婚档案办理完毕后，离婚协议方可生效。当然，如果双方无法达成协议，就只能根据法律规定的程序进行离婚诉讼。
总之，办理结婚档案和协议离婚是两个不同的概念，但在离婚时，需要同时办理结婚档案和制定离婚协议。只有在符合协议离婚的条件下，结婚档案才能生效，才能切实达到离婚的目的。
