根据中国民法典的规定，抚养权是指对未成年子女的饮食、教育、课外活动、精神生活等方面的关心、照顾、监护和教育。因此，抚养权应当是根据孩子的利益来认定的。在离婚或分居的情况下，如何认定两个孩子的抚养权呢？
首先，我建议双方先尝试协商，确定孩子的生活、学习、医疗等方面的具体安排，并以孩子的利益和需要为出发点，制定出一份详细的协议书。在协议书上，应当说明父母双方对孩子的抚养、教育和监护的具体责任和义务，如照管孩子的时间、孩子的生活费、医疗费，以及孩子的看护等。一旦确定好协议，双方应当按照约定实施。
如果协商无果，则需要考虑诉讼。在诉讼中，法院将会根据孩子的年龄、性别、学业情况、健康状况等因素，综合考虑双方的情况来做出决定。法院会根据实际情况分别给予双方父母不同程度的抚养、监护权。
此外，注意到在确定抚养权时，父母的情况和能力也很重要，主要包括父母的经济状况、体质、心理素质和亲子关系等方面。如果一方有犯罪记录或有暴力倾向，则很可能会被剥夺抚养权。而如果一方经济能力较为薄弱，法院可能会给予更多的时间或财政支持。
最后，不管是协商还是诉讼，需要注意的是，双方都应当以孩子的未来为重心，尽力寻求与孩子最好的未来的安排。同时，家长应该秉持尊重孩子的态度，听取孩子的想法和感受，适当地参考他们的意见，让孩子感受到父母的关爱和尊重。
