农村宅基地是指农村居民用于居住和生产的土地，是农村社会主义经济基础和农村基本经营制度的重要组成部分。宅基地确权是指农村居民宅基地的合法所有權的确认。在传统意义上，宅基地确权只能是“一户一证”，也就是每户居民只能有一张宅基地证，这与中国农村家庭常规的多人合住产权协商有很大冲突。因此，农村宅基地确权两户合法吗？需要建立在一定情况下才能判断。
首先，对于配偶共用的宅基地，应当进行“两证合一”的编制。称之为“两证合一”，即是将夫妻共有的宅基地办理一张宅基地证，由多人签字盖章确认有权利协商和管理共有产权。夫妻同住的居民如果办理两张宅基地证，虽然有一定的法律依据，但会造成实际问题，如重复使用土地、影响土地利用效益等问题。
其次，对于申请宅基地的申请者的家庭成员中有产权共有关系的，并且符合国家土地性质和规定的，可以双方签字盖章，办理“两证合一”，各自享有共有产权。而且对于外在原因导致的家庭成员增加情况下，宅基地确权也应当是允许授权的，允许不断加入，形成“多人共有”的产权结构。
最后，农村宅基地确权两户合法，也要符合当地政策规定。不同地区、不同县市有各自的政策要求，必须遵循相关法律法规和地方性法规的规定，并遵守当地政府制定的宅基地确权方式进行操作。
在保证合法性的同时，要求宅基地确权的公平性、民主性和有效性。宅基地确权政策必须充分听取居民意见、民主协商后实施，保障宅基地的安全性和基本生产生活需要。同时，对于宅基地确权存在的违规现象必须依法依规进行处理，确保国家土地资源得到合理的利用，社会公正、法制稳定。
