离婚协议中的经济适用房是否有效，需要根据具体情况来确定。
首先，经济适用房的性质是属于国家提供给符合条件的低收入家庭的保障性住房，且其产权属于国家所有。因此，离婚协议中涉及到经济适用房的分配，应当考虑国家相关政策和法律法规的规定。
其次，经济适用房的分配，需要按照夫妻共同财产的原则来处理。如果经济适用房是夫妻共同财产的一部分，可以在离婚协议中进行分配。但是，前提是夫妻双方必须达成一致，且分配方案必须符合相关政策和法律法规的规定。否则，在离婚后进行争夺，需要依据法律程序进行裁决。
第三，如果经济适用房是婚前或者婚后一方所持有的财产，该如何处理呢？依照法律规定，婚前财产和婚后一方持有的个人财产，在离婚时不属于夫妻共同财产，因此，离婚协议中不需要涉及经济适用房的分配。如果其中一方想要获得经济适用房的产权，需要在法定程序下进行合法争夺。
综上所述，离婚协议中经济适用房的分配有效性需要根据具体情况进行判断，同时，还需要遵循国家相关政策和法律法规的规定。在分配过程中，应当坚持公平原则，充分考虑双方利益和保障住房权利的平衡。
