拆迁补偿协议的合法性主要受到两方面的保护：法律保护和协议双方的自愿性。
首先，拆迁补偿协议的合法性得到政府法律保障。依据国家相关法律规定，政府有权对建设用地和农村宅基地进行征收，并进行拆迁补偿，但也应尊重市场规律，采取市场化方式进行协商，协议达成后，应当经过公示，征收决定应当在县级以上人民政府核准后执行，在法律的保护下拆迁补偿协议具有合法性。
其次，拆迁补偿协议的签订是双方自愿的。在征收前，政府会通过多种方式通知被征收人，征收对价是可以依法独立协商的。双方根据自身情况协商补偿标准，协商的过程是基于平等自愿原则的，签订了协议，意味着双方都理解其权益和义务，同意双方的权益和义务，如果在合法的情况下达成的协议，是可以得到法律保护的。
综合来看，拆迁补偿协议在严格的法律规定下被认定为合法，协议的签订是基于双方自愿的原则，既可以保障拆迁人的利益，也可以保障国家的征地利益，确保拆迁的合法性和公正性。当然，如果在协商的过程中存在违法违规行为，对于协议也是不合法的，需要由政府按照相关法律规定采取相应的措施进行处理。
