小产权房离婚协议在法律上是有一定效力的，但需要注意的是，其效力程度取决于协议的内容和具体情况。
首先，小产权房离婚协议需要符合法律规定，包括离婚程序、财产分割、子女抚养等方面的规定。如果协议违反了法律规定，就可能无效。
其次，小产权房的产权归属是一个比较敏感的问题，需要根据具体情况来判断协议是否有效。如果小产权房是由婚姻生活期间夫妻共同购买、共同偿还贷款的，离婚时双方可以协商将其进行平分。而如果小产权房是由一方在婚前或婚姻生活期间单独购买或赠与的，协议约定另一方放弃或分得一定份额可能会存在争议。
最后，需要强调的是，小产权房的产权归属在法律上是受到一定限制的，其转让和抵押等操作需要符合相关规定。因此，双方离婚后不应违反相关规定进行任意转让或抵押，否则可能会引发法律纠纷。
综上所述，小产权房离婚协议在法律上是有一定效力的，但具体要根据协议内容和实际情况来判断其有效性。在签订协议前，双方应尽可能了解小产权房的产权归属和相关政策规定，避免因协议争议而产生不必要的纠纷。
