协议离婚孕期的书面协议应该包括以下内容：
1. 同意离婚：双方共同表示，经过充分协商，决定以协议离婚的方式结束婚姻关系，终止互为夫妻的法律关系。
2. 离婚协议内容：协议离婚中需要写明离婚双方协商达成的具体事项，包括但不限于财产分割、抚养子女、探望子女、赡养老人等。
3. 孕期特别规定：在协议离婚中，如果女方已经怀孕，需要特别规定双方在孕期期间如何处理。通常，双方应该协商确定以下内容：
- 孕期期间如何协商处理夫妻共同财产和资产的问题；
- 孕期期间男方应该给予合理的赡养和照顾，以及协商资助孕妇所需的费用；
- 双方应该以最大可能的努力协商出共同育儿计划，尽可能达成共识；
4. 其他特别事项：协议离婚中还应该包括一些其他特别事项的规定，例如如何处理离婚后的联络、如何处理离婚协议违约等。
总之，在协议离婚中，孕期是一个非常敏感的时期，需要尽可能地考虑到孕妇和胎儿的福利和保护，尽可能减少负面影响。双方需要诚恳沟通，真诚协商，制定合理协议。同时也可以请律师协助起草，以确保协议合法有效。
