根据中国宪法和现行法律法规，法院有权对申请执行的案件进行财产查封、扣押和拍卖等措施，以保护当事人的合法权益和履行判决、裁定的义务。因此，在符合相关程序和条件的情况下，农村宅基地法院是有权拍卖的。
但是，农村宅基地的特殊性质需要考虑。农村宅基地的转让、抵押等行为需要满足相关规定，拍卖也应当遵循农村宅基地使用权的法律制度和程序。比如，拍卖前需要履行告知义务，包括告知所有权人、承包人以及其他与宅基地有关利害关系的人等；拍卖成交价应当按照法律规定妥善处理，保证相关当事人的权益不受侵害；拍卖后需要及时办理宅基地转移等手续，避免影响宅基地权益的进一步保障。
此外，农村宅基地在拍卖过程中存在的一些问题，如公示不实、价值评估不准确等，也需要引起重视。应当积极采取措施，加强拍卖程序的规范化，保障农村宅基地所有权人权益，促进农村宅基地的合理流通和稳定发展。
