分居离婚协议是一种离婚方式，需要双方当事人达成协议并签署协议书，协议内容包括双方的财产分割、子女抚养等事项。在一定程度上，这种协议可简化离婚问题，减少争议的产生。但是如果存在以下情况，分居离婚协议可能会被判为无效。
1.协议内容违反法律规定
离婚协议的内容需要符合国家法律法规的规定。如果协议内容违反相关法律规定，比如双方未按照法定程序办理离婚手续、协议中约定违反了相关的法律规定等，则当事人可以向法院提起诉讼要求撤销离婚协议。
2.一方当事人受到欺骗或胁迫
如果在协议达成过程中一方当事人受到了对方的欺骗或胁迫，导致其在协议上签字同意，那么协议就是无效的。当事人可以向法院提出撤销协议的申请，要求重新处理离婚事宜。
3.协议内容偏向一方
协议内容应该是双方当事人在平等基础上达成的，不能出现过分偏向某一方的情况。如果协议中一方获得了过多的财产或权益，另一方的权益受到了侵害，那么另一方就可以请求撤销协议。
总之，分居离婚协议的有效性与其协议内容是否符合法律规定及双方当事人是否在平等自愿的基础上达成的相关。如果有任何协议内容违反法律规定，或是双方的意愿得不到充分尊重，那么协议就是无效的，需要向法院提起诉讼加以处理。
