对于分居多年的夫妻而言，协议离婚可能是最为明智的决定。协议离婚是指夫妻双方自愿协商达成一致的离婚协议，并由法院认可并转化为判决。不同于争议离婚，协议离婚过程较为简便，且能更好地维护夫妻之间的关系。
首先，分居多年的夫妻需要了解的是，协议离婚需要双方达成一致，且协议内容全面合法。离婚协议需要包含夫妻财产的分配、子女抚养、探视等方面的规定，同时需要考虑到法律的相关规定，确保离婚协议的合法性。
其次，在协议离婚前，夫妻双方需要积极沟通，尤其是有关财产分配和子女抚养等方面，需充分考虑对方的意见和需求。一旦达成协议，双方需要签署《离婚协议书》并提交法院审批，法院审批后，签署《民事判决书》，正式成为离婚协议的判决。
最后，协议离婚的全过程还需要寻求专业的法律帮助。离婚协议涉及到较多的法律规定，夫妻双方并不是专业人士，如果处理不当，易导致离婚协议的无效或产生纠纷。因此，需要咨询相关的律师或法律机构，以保障自身权益。
总之，分居多年协议离婚是件事情，夫妻双方需要冷静理性对待，以达成对双方和子女最好的结果。
