如果夫妻双方在协议离婚中没有就子女的抚养权达成一致意见，那么可以通过起诉抚养权来解决问题。以下是详细的操作流程：
1.了解法律规定。根据中国《婚姻法》的规定，未成年子女的抚养权由具有监护资格的一方行使，另一方有探视权。但如果有更符合子女利益的方案，法院会优先考虑该方案。
2.收集证据。准备相关的证据，如子女的学籍证明、医疗证明等，以证明对子女的抚养更有优势。同时，还可以收集对方对子女照顾不周等证据。
3.委托专业律师。因为涉及到抚养权的纠纷往往较为敏感和复杂，具体操作需要按照法律程序进行，所以建议委托专业律师协助处理。
4.提起诉讼。根据具体情况，选择合适的诉讼地点、时间，向法院提起诉讼。
5.出庭参加庭审。在庭审中提供相关证据，并根据法官的询问依法作出答复，维护自己的合法权益。
总之，起诉抚养权是一件比较麻烦的事情，需要充分考虑自己和孩子的利益，而且过程中需要注意的法律细节也很多，因此最好委托专业的律师来协助处理。
