分居两年协议离婚是在夫妻双方达成共识的情况下，依据《婚姻法》规定，经民政部门审核同意，解除婚姻关系的一种方式。那么分居两年协议离婚如何处理呢？
首先，夫妻双方应该协商好离婚财产分割问题。对于共同财产的分配，可以依据协议达成一致，包括财产的归谁、分配比例等。如果协商不好，也可以通过司法途径解决。
其次，要注意处理好子女抚养问题。根据法律规定，未成年子女的抚养权应由双方父母共同行使，但由于离婚后夫妻关系破裂，可能会对子女的成长产生不利影响，因此双方需认真协商，制定出合理的子女抚养协议方案。
最后，还需要注意解除婚姻登记关系的手续。夫妻离婚需要到民政部门办理离婚手续，办理手续前需要准备好有关材料，例如夫妻双方的身份证明、结婚证、子女出生证明、财产分割协议等。如果手续办理不齐或不符合要求，则无法办理离婚。
总之，分居两年协议离婚需要夫妻双方共同配合，制定出合理的离婚协议方案，保护自己的合法权益，完成离婚手续，努力维护好家庭稳定和谐的局面。
