协议离婚分居房产处理需要遵循婚姻法的相关规定和当事人的协商同意，并向相关部门进行审批登记。
首先，按照我国婚姻法的规定，离婚后房产的归属原则是夫妻共同协商，实行“谁认购、谁登记、谁付款”原则。当夫妻协议决定产权划分后，应在房地产登记机关办理产权变更登记手续。如果夫妻没有协商达成一致意见，根据法律规定，可以通过诉讼途径由法院依法裁决。
其次，对于分居房产的处理，可以考虑以下方案：
1. 卖房分钱：如果夫妻双方都同意出售房产，可以将房产放到市场上售卖，出售价款按照夫妻双方约定分成。
2. 调换房产：如果夫妻各有一套房产，可以协商互换。需要注意的是，房产的价值应当相当，交易需要在房地产登记部门办理过户手续。
3. 其他协商：如果夫妻双方没有房产，或者不愿意出售或调换房产，可以根据双方实际情况协商确定其他方案，例如一方赔偿另一方指定的金额或物品等。
最后，需要指出的是，协议离婚分居房产的处理需要遵循婚姻法的规定和程序，尊重当事人的协商意愿，并且在办理产权变更手续时，需要提供相关的证明材料。
