如果一方当事人认为已经同意达成的离婚协议存在合法性问题，想要推翻该协议，那么需要遵循以下程序：
1. 要先查看离婚协议是否存在违法或违反法律规定的条款。如果存在此类问题，可以提出庭外调解或诉讼。
2. 在协议签署后，一方当事人如发现对方隐瞒财产、瞒报个人资产情况等情况，也可以提起诉讼，要求修改原协议。
3. 如果双方已经签署协议，且过去很长一段时间，但确实发现协议存在不公平的地方，可以申请协议的变更或变更诉讼。
4. 如果发现离婚协议中的条款已经无法落实，如下嫁之事已经成立，那么需要申请协议的终止，重新起草协议。
总之，离婚协议是双方当事人协商达成的协议，只要不违反法律规定，双方自愿签署，就具有合法性。如双方其中一人认为协议不公正，需要通过法律程序进行申请或变更。最终法院会根据双方申请，实际情况，以及法律规定的标准审理，并依据法律规定做出裁决。
