协议拆迁和行政拆迁都是指将违法建筑或仅仅是需要拆除的建筑拆除，但二者是存在明显不同的。
协议拆迁是指拆除建筑的所有权人和当地政府之间进行协商和达成协议，由双方自愿达成协议拆除建筑。在此过程中，政府会给予建筑主一定的补偿，双方达成一致后，就可以完成拆迁。因此，协议拆迁中，拆迁过程需要建筑主的同意，建筑主应该得到一定的合理补偿，拆迁过程相对较为平稳和和谐。
与协议拆迁不同，行政拆迁是政府强制拆除违法建筑，并强制赶走住户，因此，在此过程中，建筑主往往会因为没有得到合理补偿而反抗拆迁，因而容易引起社会不稳定和矛盾。而行政拆迁通常很具有决策强制性和威胁性，容易引起居民情绪波动并造成社会不稳定，同时也需要政府支付一定的资源和人力成本。
总之，协议拆迁和行政拆迁都具有拆除违法建筑以解决城市规划问题的作用，不过二者还是存在明显的区别，建筑主同意度、资金等问题，以及执行的形式和耗费的资源都不相同。
