法院调解书是由法院作出的一种解决争端的文书，一般包含争议双方达成的协议和法院的裁决。如果在调解书中涉及到抚养权的问题，双方对抚养权协议存在异议，想要更改协议，可以采取以下几种方式：
1.协商达成一致：双方可以重新协商，通过谈判达成新的协议，并将新协议提交给法院审批。如果法院认为新协议符合法律规定及当事人的利益，就会对其做出裁决。
2.申请变更抚养权：如果双方无法协商达成一致，任何一方都可以向法院申请变更抚养权，表达自己的意见和要求。法院会听取双方的意见，考虑到孩子的利益，做出适当的裁决。
3.申请重新审理：如果当事人认为法院作出的调解书不公正或者有错误，可以在规定的时间内向法院申请重新审理。重新审理的结果可能会对抚养权协议产生影响，并可能导致抚养权的更改。
总之，无论采取哪种方式，更改抚养权必须经过法院的审批，以确保更改后的协议符合法律规定，对孩子的利益起到好的保障作用。
