协议离婚分居的判定标准主要包括以下几个方面：
1. 婚姻关系是否已经破裂
协议离婚分居是以婚姻关系已经破裂为前提的。法院会根据本案的具体情况，包括夫妻间的感情状况和彼此之间的行为等方面综合考虑，判断是否达到婚姻破裂的程度。
2. 分居时间是否已满足法定期限
协议离婚分居需要满足法定期限，一般为一年以上。此外，要求分居期间夫妻之间没有同居的行为。如果被告方不同意离婚或者请求撤回协议离婚申请，法院还需要核实当事人真实意愿。
3. 协议离婚协议是否合法有效
协议离婚协议需要符合法律规定，且当事双方是基于自愿原则的协商达成的。协议离婚协议内容主要包括夫妻财产的分割和对子女抚养问题的规定。如果离婚协议不合法，法院无法判定离婚分居生效。
总之，在协议离婚分居案件中，法院会根据具体事实，综合考虑多种因素作出判决。对于当事人来说，要提供充分的证据材料，确保自己的合法权益得到维护。
