对于协议离婚分居的孩子，法院的判决往往是以符合孩子最权益的原则为基础进行的。这一原则强调的是保障孩子身心健康发展的最基本权利，也是所有判决的理论前提。
对于离婚后孩子的监护权归属，通常由法院根据具体情况作出判断。如果孩子的年龄较小，则通常而言法院会判决监护权交给母亲，因为母亲的情感细腻和照顾的能力更强，也能更好地保障孩子的生活和教育。在具体的判决中，法院会根据案件中的证据和当事人的陈述来作出具体的判断。
另外，对于父母之间的财产分配问题，法院也会考虑到孩子的需要和利益。特别是对于分居后孩子生活维持所需的费用，如学费、医疗费等，法院通常会要求双方父母按照比例进行分摊支付，以确保孩子的正常生活和成长。
总之，在协议离婚分居的情况下，保障孩子的权益和利益是最重要的，法院所作的判决也必须始终根据这一原则进行。父母应该一起为孩子的成长和发展负起责任，积极保障孩子的权益和利益，共同为孩子的未来努力。
