在分居期间，孩子的抚养权是一个非常敏感和重要的问题。法律规定，孩子的抚养权应当由父母共同行使，在双方协商一致的情况下，父母可以一起决定孩子的居住地、教育、医疗等问题，以保证孩子的健康和成长。
然而，如果父母不能妥善协商，就需要通过法律途径解决。在审理孩子抚养权案件时，法院会根据实际情况进行综合考虑，主要考虑以下几个方面：
1. 孩子的年龄：对于很小的孩子，法院可能会考虑给予母亲更多的抚养权，因为母亲更有能力照顾孩子的日常生活和成长需求。
2. 父母的收入和财力：法院通常会考虑父母的收入和财力情况，以决定孩子的生活质量和教育水平。如果一个父亲的收入更高，那么他可能会被要求支付更高的抚养费用。
3. 父母的家庭环境和稳定性：法院还会考虑孩子的生活环境和稳定性问题，包括孩子在哪个家庭生活更为稳定和舒适，这个家庭是否能够提供足够的爱和关注等。
4. 孩子的意愿：如果孩子已经十岁以上，法院通常会考虑孩子的意愿，以避免因为违反孩子的意愿而造成不良后果。
在决定孩子抚养权时，法院的首要考虑是孩子的最佳利益，以保障孩子的健康、安全和正常成长。因此，父母在分居期间应该充分考虑孩子的意愿和需要，尽量达成一致意见，以避免对孩子的身心健康造成不良影响。
