南京夫妻离婚协议应该包含以下几部分：
一、协议的开头应注明离婚协议的名称、双方当事人的姓名、身份证号码、住址、联系方式等基本信息，以及离婚的原因和离婚方式（是否征得法院批准）。
二、财产分割方面，需要列出夫妻共同财产的清单，并说明各自分到的比例、方式及时间。如房产、汽车、存款、债务等财产分割。
三、子女抚养问题的解决。包括子女的监护权、居住、抚养责任和抚养费等问题。要确定每个子女的监护人身份，并说明哪个父母负责哪些子女的抚养。
四、医疗保险、住房、婚姻债务等问题的解决。如果夫妻之间有共同的医疗保险和住房，需要说明离婚后的处理方式。同时需要明确夫妻双方的婚姻债务如何偿还。
五、离婚协议的签署与生效问题，双方应一致签署离婚协议，并在购房、办证等相关机构进行备案。离婚协议生效后，双方切勿违背协议内容。
以上五点是南京夫妻离婚协议中应该包含的内容，当然也可以根据具体情况进行适当修改和补充。在签署离婚协议之前，夫妻双方应该多次协商，尽可能达成双方都能够接受的协议。如果有需要，也可以请律师协助起草、审核离婚协议。
