杨在明协议拆迁的合法性涉及到了政府、开发商、拆迁户等多方面利益的平衡，其合法性在不同情况下也存在不同的判断。在理论上，以协议方式拆迁本身是合法的，而且可以出现在不同的拆迁模式中。
在实际操作中，协议拆迁的合法性需要满足一定的条件。首先，需要政府、开发商和拆迁户之间充分的沟通和协商，确保相互知情和充分的自由意志。其次，协议拆迁需要在法定程序的基础上进行，即政府需要按照法定程序发布公告、开展听证、进行征收补偿等工作，确保拆迁户的合法权益得到充分保障。最后，协议拆迁需要考虑到拆迁户的实际利益，包括合理的拆迁补偿、合适的搬迁安置等。
然而，在实际操作过程中，协议拆迁也存在一系列问题。首先，政府需要在拆迁过程中充分考虑公共利益，而不是一味追求开发商的利益。其次，拆迁户需要充分了解自己的权利和利益，不被开发商以不合理方式影响自己的选择。最后，政府需要在法定程序的基础上，保障拆迁户的合法权益，防止出现侵犯拆迁户权利的情况。
综上所述，杨在明协议拆迁的合法性需要从多个角度分析判断。在实践中，政府和开发商需要站在公共利益和拆迁户的利益平衡的角度出发，合理运用协议拆迁的方式，让拆迁户从中受益，并避免不必要的纠纷。同时，政府也应该加强拆迁制度的完善，优化拆迁流程，确保拆迁过程的合法、公正和透明。
