根据中华人民共和国《治安管理处罚法》第二十五条规定，打骂、虐待家庭成员属于治安违法行为，情节严重的可能会被判刑。根据《中华人民共和国婚姻法》规定，夫妻双方有保护子女的义务，父母应当履行抚养、教育、保护子女的义务。如果父亲在执行离婚协议的过程中打了儿子，则违反了婚姻法对于父母履行抚养教育保障子女权益的要求。
同时，打儿子的行为应当受到法律的惩罚。如果能够证明父亲的行为造成了儿子的身心伤害，那么就需要承担相应的民事责任。另外，在家庭内发生的打骂行为，可以报警或向当地派出所举报，警方会对打人行为进行调查和处理。
因此，父亲打儿子是违法行为，无论何时父母都应保护他们的子女，不可在矛盾纠纷中借口暴力来解决问题。在离婚协议过程中，家庭成员间应该尽量平等协商，保护子女的权益，在不伤害对方的前提下尊重对方的意见，和平解决问题。
