在我国婚姻法中，并没有非常明确地规定孩子非亲生是否可以协议离婚，但一般情况下，如果夫妻之间有共识要离婚的话，也就是并不愿意继续维系婚姻关系了，且双方可以协商达成协议，则可以通过协议离婚的方式解决问题。
不过，在协议离婚的过程中，由于孩子非亲生的情况会涉及到子女抚养权、财产分割、财产继承等复杂的问题，所以具体的协议离婚程序还是需要遵循国家法律法规的。比如，离婚协议需要经过公证认证，离婚后需要办理财产分割、子女抚养权等手续。
同时，如果离婚协议过程中涉及到孩子非亲生的问题，可以通过调解、仲裁等方式解决，也可以通过司法诉讼来解决。在司法诉讼的过程中，法院将根据国家法律法规和实际情况来认真审理并作出公正的判决。
总之，如果夫妻之间因为孩子非亲生而想要离婚，可以先通过协商解决，并遵循国家法律法规办理相关手续。如果因为各种原因无法达成协议，可以通过司法诉讼的方式寻求法院的帮助解决问题。
