拆迁补偿协议确实应该是一式三份的。拆迁补偿协议是拆迁双方的权利义务确认书，包括拆迁房屋的面积、拆迁补偿方式及数额、搬迁期限等重要内容，是一份法律文书，具有法律效力。因此，拆迁补偿协议一般要求一式三份，其中一份归业主保存，一份归承担拆迁补偿责任的单位保存，另一份则归政府有关部门保存，以备以后需要查阅。这种做法可以确保拆迁双方权益得到保障，可以减少后续纠纷的发生，为以后的维权提供充分的证据。同时，这也是一种法律保障，可以方便权利人随时查阅与维权。在拆迁补偿协议中，双方的权利和义务得到充分的表述和约束，有效避免了补偿标准不明确，程序不规范，导致的种种不公式的情况发生。因此，拆迁补偿协议一式三份的规定，不仅是为拆迁双方的权益保驾护航，也是为了落实公正、合法、有序的拆迁工作，确保拆迁工作的顺利进行。
