南京市的离婚协议可以在许多不同的地方签字。以下是一些可能的签字地点：
1. 公证处：在公证处签署离婚协议可以增加协议的合法性和权威性。公证处会记录并证明协议的内容，并会让签署双方做出承诺。公证处一般位于法院旁边，需要缴纳一定的费用。
2. 法院：如果双方在争议方面没有达成一致，他们可以到法院签署离婚协议。在法院，双方将会与法官和律师一起审查协议，确认它是否符合法律和规定。 法院会收取一定的费用。
3. 律师事务所：如果夫妻双方都有各自的律师代表，他们可以在律师事务所签署离婚协议。双方的律师将会协助他们制定协议，并在确保它符合法律和规定的前提下签署协议。
4. 民政局：在中国，民政局是处理婚姻和离婚相关事务的主要机构。如果夫妻双方都同意离婚协议，他们可以到当地的民政局提交协议并签字。
5. 约定地点：夫妻双方可以商定在他们自己选择的地点签署离婚协议，例如在自己的住所、朋友家或是公共场所等。然而，这种方式存在合法性危险，涉及到协议的合法性以及证据披露问题。
不论在哪里签约，重要的是夫妻双方都必须认真考虑协议，确保签署离婚协议符合双方的利益，并在附近有见证人。最后要注意的是，在签署协议前，双方应当确保已经充分理解了协议内容并阅读过协议的所有条款。
