南京离婚协议调档案去南京市民政局婚姻登记管理中心。
调档案之前，需要双方离婚协议书原件、离婚登记申请书、离婚证原件等资料，可以到南京市民政局婚姻登记管理中心的登记窗口咨询，并领取相关申请表格。申请表格填写完成后，需要在窗口提交申请，交纳一定的费用并接受现场审核。如果审核通过，就会给你一张凭证单，通过这张凭证单则可以在规定的时间内领取调档案的通知单。
在领取通知单后，按照通知单上的时间到南京市民政局档案部领取档案。档案部根据所需的资料进行筛选，筛选完成后通过网上备案通知、短信等方式通知申请人。申请人到领取窗口缴纳一定的费用，并领取调档案件。
需要注意的是，申请调档案需要提供充分的证据以证明双方已经离婚，否则将不能调档案。同时，申请调档案可能需要一定的费用和时间，并需注意提前准备相关证明材料以及遵守相关规定。
