中华人民共和国国务院扶贫办（贫办）和国土资源部是共同负责管理农村宅基地的部门。
农村宅基地是指农村土地中的建房用地，是农村居民用来建造住房和其他生产、生活用房等的基础设施。宅基地是农民最重要的财产之一，是承载着农民对土地、对家庭的情感。
贫办是中国政府负责扶贫工作的主要机构之一，其职责是负责制定和领导扶贫工作的方针、政策、计划和指导全国扶贫工作。扶贫工作涉及到了宅基地的保护和合法权益的维护，因此贫办是管理农村宅基地的重要部门之一。
国土资源部负责全国宅基地政策和管理的制定和实施，授权省、自治区、直辖市国土资源部门实施宅基地管理。这个部门也负责规划和管理农村土地、城市土地、矿产资源、能源资源等公共资源。因此，国土资源部也是管理农村宅基地的重要机构。
总之，中央哪个部门管农村宅基地不是由一个单一的部门管理，而是由两个不同的部门共同负责。这两个部门在管理农村宅基地时，应该加强协调与配合，共同为维护农民的合法权益而努力。
