房屋拆迁无效协议是指在房屋拆迁过程中，相关方面签订的协议存在违法、不合理等问题，导致协议无效的情况。在此情况下，应按照相关法规和规定进行补偿。
首先，应该明确的是，房屋拆迁无效协议的责任主体是政府部门、拆迁方与被拆迁人三个方面。因此，在赔偿方案的制定上，应该充分考虑到这三个方面的权利和利益，并进行公正公平的协商。
其次，针对不同的情况，补偿方案也应有所区别。例如，如果房屋拆迁无效协议是由于政府管辖部门的责任造成的，应由政府承担全部赔偿责任。如果是因为拆迁方或被拆迁人的原因导致协议无效，责任应由相应方面承担。
最后，在赔偿方案的制定过程中，应该立足于公正公平的原则，确保各方利益得到平衡。同时，各方也应该尊重法律和规定，依法行事，避免再次发生类似的无效协议问题。
总之，房屋拆迁无效协议的赔偿是一个比较复杂的问题，需要考虑多方面的因素，并采取针对性的措施解决。只有在公正公平的前提下，才能有效维护拆迁方与被拆迁人的合法权益。
