如果拆迁协议无效了，赔偿的方式就需要根据实际情况来定。
首先，需要查明无效的原因。如果拆迁协议是因为违反了法律规定而无效的，那么政府部门应该对此负责，追究相关责任人的责任。如果是因为协议条款过于苛刻，导致协议无效，那么双方可以重新谈判协商，尽量达成一个公平合理的协议。
其次，如果无法重新谈判协商，那么赔偿的方式就需要根据实际情况来定了。一般来说，赔偿的方式包括以下几种：
一、按照拆迁协议约定的方式进行赔偿。如果拆迁协议中明确约定了赔偿方式和赔偿标准，那么双方应该按照协议约定进行赔偿，这是最为合理和公正的方式。
二、另行协商并达成一致。如果拆迁协议无效了，双方可以通过重新协商来达成一致。在协商过程中，应该充分考虑双方的利益，平衡双方的权益，尽量达成赔偿协议。
三、向法院申请调解或诉讼。如果双方无法在协商中达成一致，或者拆迁方不肯履行赔偿义务，那么另一方可以向法院申请调解或提起诉讼，通过法律程序来解决赔偿问题。
总之，拆迁协议无效了，赔偿的方式需要根据实际情况来定，需要充分考虑双方的权益，尽量达成公正合理的协议。在协商和诉讼中，一定要维护好自己的合法权益，通过合法的手段来维护自己的利益。
