协议变更孩子抚养权需要在法院进行办理。此时，需要先了解相关法律规定。
首先，我国的《婚姻法》规定，离婚后，未成年子女的抚养权应由双方共同协商确定，若协商不成，则由人民法院根据未成年子女的最大利益判决。但是，如果离婚时已经确定了抚养权的归属，则协议变更孩子抚养权的程序就要按照法律规定进行。
具体程序如下：
1.申请办理：协议变更孩子抚养权需要双方协商一致并向当地人民法院递交书面申请。
2.审核材料：申请方要提供离婚协议书、生育证明、户口簿、子女的出生证明等相关证明材料。
3.前往法院：双方可以陪同孩子到法院进行面谈，并由法官询问孩子的意见。
4.听证：法院将对两方出示的证据进行审核，并进行听证，以了解争议纠纷的事实情况。
5.裁决：根据听证情况和相关法律规定，法院对协议变更孩子抚养权进行裁决。
需要注意的是，协议变更孩子抚养权不是简单的程序，需要双方进行深入协商，尽可能达成一致，并体现孩子的最大利益。同时，建议咨询专业律师进行相关法律咨询。
