在处理离婚协议中共同存款的分配问题时，首先应该查明存款的来源并确定可分配的财产归属。如果共同存款是由夫妻共同存入，且没有特别的约定表明归属问题，则应该按照比例分配。在分配时，应该考虑到每个配偶财产来源、收入情况以及婚姻生活中承担的家庭支出等因素，确保分配公平合理。
如果存在一方在婚姻关系中存在过度消费、财产转移等情况，导致共同存款的金额减少或减值，那么在分配时应该考虑这种情况，对未分配的存款金额进行相应的补偿，并要求该方承担相应的责任。
在分配共同存款时，有时双方会就分配金额达成协议，但这种协议只是内部协议，并未获得外部法律效力，因此建议双方在律师的指导下签署正式的协议。正式的离婚协议应该写明离婚协议的具体内容和双方的权利义务，以便为可能出现的法律纠纷提供依据。
总之，在处理离婚协议中共同存款的分配问题时，重要的是要协商解决问题，切勿让争议加剧并影响离婚程序的进展。双方应该在尊重对方权益的前提下，平等地处理共同财产的分配问题，以达成公平合理的解决方案。
