根据《宅基地条例》规定，农村宅基地可以分割，但是必须符合法律规定的条件。
目前，一些农村宅基地上已存在两户居民，却只有一栋房屋，这时候需要根据实际情况进行处理：
1. 合法居住且家庭关系良好的情况下，可以协商达成共用一栋房屋的共同居住方式。例如，拆开成两个独立的房间，或者规划两个独立的卫生间等，以方便两家居住。
2. 不良的家庭关系或居住条件不佳的情况下，可以申请进行宅基地分割。具体要按照《宅基地条例》和当地规定的程序办理，如取得县级以上人民政府集体土地建设用地规划许可证，再在规定的时间内将土地拆成两个土地使用证，并在有关部门备案。
3. 对于已经超出规模或存在规划空间限制的宅基地，可以依照法律规定进行整治，例如要求房屋用地面积小于或等于宅基地规定的面积；禁止扩建、乱搭乱建等。
总之，处理农村宅基地上两户一房的问题，要考虑法律规定和实际情况，并保障各方的合法权益。同时，也要从长远、全面的角度思考，积极推进宅基地规划、管理、使用等方面的完善，为乡村振兴提供更好的土地和住房保障。
