是的，分居两年后夫妻双方可以在律师的帮助下进行协议离婚。分居两年违反了婚姻关系的基础诺言，因此夫妻双方有权决定是否继续认可婚姻，并通过协议离婚结束婚姻关系。在协议离婚中，夫妻双方将通过协商就各自的财产、债务、抚养子女、探视权等问题达成一致。这样，将有助于减少争端和分歧。对于分居两年的情侣来说，如果双方没有子女和双方共同的房产等问题需要处理，可以选择简化的离婚程序，只需法官批准协议即可离婚。然而，在协议离婚过程中，每一方都应该保持理性和冷静的态度，不断沟通，解决问题。离婚是一个困难的过程，需要耐心和智慧。最终，珍视对方，合理分配财产、抚养子女并建立良好的沟通方式，是协议离婚的目标。
