二套房拆迁协议抵偿契税是指，在市场上，房产的价值是很高的，因此，在拆迁过程中，为了尽量保护业主的权益，政府有可能会与业主签订一份协议，以抵消业主支付的契税，即通过以房换房和以钱换房的方式，来达到减轻业主契税负担的目的。
根据税法规定，如果通过二套房拆迁协议抵偿契税的方式买房，具体的契税免征额度则需要按照当地政策来进行具体的核算。以北京为例，由于城市化进程逐步加快，政府在拆迁补偿方面，积极推动了二套房拆迁协议的签订，政策法规也逐步完善。
目前，北京市二套房拆迁协议抵偿契税的免征额度为180万元，即在二套房拆迁过程中，如果房屋是以建筑面积计算，如果房产的权属人在拆迁安置房建设范围内已经拥有一套共有产权房或者商品住房，那么在购买安置房时，可免除购房人缴纳的契税，免征额度为180万元。
总的来说，二套房拆迁协议抵偿契税的具体免征额度，要参考各地的政策进行核算，但是在购房过程中，需要注意的是，尽量选择信誉良好的房产开发商或中介机构，以避免出现不必要的麻烦。此外，在签订协议的过程中，应该慎重考虑自己的实际情况，全面评估拆迁安置房的价格、地理位置等因素，确保自己的权益得到最大化保护。
