协议离婚是指双方夫妻通过协商达成共识，自愿在民政部门办理离婚手续的方式。在民政局办理离婚登记时，需要双方夫妻签署离婚协议书，并由两人共同申报通过离婚。离婚协议书是对夫妻离婚协议内容的书面载明，是双方离婚协议的重要证据。
协议离婚民政局会有存档，其原因有两个。首先是离婚协议书是民政部门规定的必备资料之一，离婚登记必须要有离婚协议书的存在。离婚协议书作为夫妻双方在离婚中所达成的关键文件，需要依法保留备案。因此，一旦双方按照程序在民政局正式登记离婚，他们签署的离婚协议书就会被民政局存档记录。
其次，协议离婚不仅要提交离婚协议书，还要提交其他一系列的资料，包括身份证件、户口本、结婚证等。这些资料也会被民政部门放入档案，作为证明双方已经办理离婚手续的重要凭证。如果今后夫妻再度复婚或有其他家庭法律事务需要办理时，这些资料也可以提供证明。
综上所述，协议离婚民政局会有存档。离婚协议书和其他资料都会被民政局记录并存档，无论双方以后的路走得多远，这些档案记录都是永久有效的。离婚协议书和其他资料的存档，有助于保障双方权益，事实上也是一种家庭法律事务的重要保障措施。
