宝宝三个月协议离婚，在法律上是可以办理的。但需要注意的是，在离婚过程中，小孩的抚养问题需要得到妥善处理。协议离婚需要双方协商并达成一致，且必须经过法院的审批才能生效。
在协议离婚中，对于小孩的抚养问题，可以根据实际情况制定相关规定，如由一方抚养，或两方共同抚养。同时，还需要考虑小孩的赡养费问题，包括食品、医疗、教育等方面的费用。为了保障小孩的权益，可以通过制定协议方式解决，也可以在离婚协议书中制定相关规定，以确保小孩得到应有的抚养和照顾。
在处理离婚问题时，还需要注意财产分割问题。协议离婚在财产分割方面可以更加自由，双方可以依据各自的财产情况制定财产分割方案，也可以协商出双方均可接受的协议。
总之，在宝宝三个月协议离婚时，需要妥善解决小孩的抚养问题，确保小孩得到应有的照顾和关爱，同时需要制定合理的财产分割方案。离婚是一件事关家庭利益和孩子未来的事情，应该谨慎处理，尽量避免导致家庭破裂。
