如果一个夫妻在婚姻关系破裂后决定离婚，但由于女方已经怀孕，需要达成一个协议来解决分居、抚养儿童、财务等问题。下面是一个可能的协议文本，以供参考：
一、分居
1.1 合同双方自行协商，决定自愿分居。
1.2 离婚协议签订后，夫妻双方从约定的日期开始，分别居住在各自的住所。
二、抚养及探视孩子
2.1 由女方抚养儿子，男方有权定期探视并与孩子交流。
2.2 双方应该为孩子的体育、文化、艺术等方面的教育和生活费用作出适合孩子成长的合理费用划分。
2.3 夫妻双方应共同尽力保护孩子的合法权益，不得对孩子的教育和生活造成不良影响。
2.4 如有变动，任何 妥协都要事先协商并取得对方的同意。
三、财务处理
3.1 夫妻双方个人财产及收入由各自所有。
3.2 夫妻双方应自行承担各自现有的债务。
3.3 孩子的教育和生活费用由女方承担，男方应共助妇女解决子女的生活困难。
3.4 夫妻双方应自行承担各自的生活费用，应减少无关紧要开支。
3.5 其他合法权益的处理，按照双方意向协商解决。
四、协议的签署与生效
本协议自双方签章日起生效，自愿分居协议应在生效前办理分居手续。在本协议生效前，如果对协议有任何异议，应重新协商。对本协议的未尽事宜，可以根据需要协商订立补充协议。
以上是一份离婚怀孕协议的范本，本协议的规定可以作为双方协商和约定的基础，以便双方达成和解。当然，具体的协议内容要根据实际情况进行具体的商讨，以保证双方都能满意。
