非亲生子的存在确实会给夫妻关系带来很多问题，尤其是在配偶一方知晓时。在这种情况下，非亲生子的父母关系和夫妻关系都需要经过重新考虑和处理。因此，非亲生子能否协议离婚的问题并没有标准答案，需要具体分析具体情况。
首先，对于非亲生子的存在会对夫妻关系造成的影响是显而易见的：可能会导致夫妻之间的信任破裂、感情变淡甚至彻底破裂。在这种情况下，离婚是一种很常见的选择。如果夫妻双方都认为这是最好的解决方案，那么协议离婚是完全可以实现的。
另一方面，如果夫妻双方能够妥善处理非亲生子的存在，并愿意继续维持婚姻关系，也可以选择不离婚。在这种情况下，夫妻双方需要面对和解决一些问题：比如，如何处理和教育非亲生子，如何改善夫妻关系以及建立新的家庭共同意识等等。
总之，非亲生子的存在会对夫妻关系带来很多挑战，但是，协议离婚是否合适需要视具体情况而定。最重要的是夫妻双方都要理智地评估自己的选择，对于非亲生子的权益和生活也要给予足够的关注和考虑。
