离婚协议是由两个人双方自愿达成的协议，旨在结束婚姻关系、划分财产、约定抚养子女或其他相关事项。而若夫妻双方在离婚后分居两年以上，有一些需要注意的问题。
首先，对于分居两年以上的夫妻，可以直接提出离婚申请。这种情况下，离婚协议已经不存在约定财产分割和子女抚养等具体问题，因此会根据法院的裁决进行处理。
其次，对于已经签订离婚协议的夫妻，如果分居两年以上仍能达成共识，可以在协议中增加有关分居两年所涉及问题的约定。这些问题可能包括财产分割、子女抚养、探视权、财务协议等等。 需要注意的是，在签订协议时一定要清楚明确、具体详尽，并在协议中加入相关的法律条款和保证金的义务以确保协议的执行。
最后，如果经过分居两年以上的时间，夫妻双方不能达成一致，可以向法院提出离婚诉讼。在这种情况下，法院将依据相关法律，根据夫妻双方的情况进行裁决。 这时候需要律师给予建议并提供法律帮助。
总之，离婚协议分居两年是需要谨慎处理的事项，必须考虑周全并充分协商，以确保双方的权益得到保护，同时避免因分居时间过久而带来的不利影响。
