和法院协议离婚的区别在于协议离婚是由夫妻双方自愿达成的协议，而法院协议离婚是在离婚诉讼中，经过法院和仲裁机构调解达成的协议。
在协议离婚中，夫妻双方可以根据自己的意愿和利益，在保障孩子合理抚养和财产平分的前提下，自由地约定离婚协议内容。离婚协议的内容可以涵盖财产分割、子女抚养权、探望权、赡养费等方面。但是协议离婚只有在达成协议后，离婚手续才能进行。
而在法院协议离婚中，法院或仲裁机构会在离婚诉讼中，起到调解协调作用。尽管在法院协议离婚中依然要征得夫妻双方同意，但是如果双方无法达成协议，则只能由法院根据法律规定作出裁决。因此，相较于协议离婚，法院协议离婚的协议内容更多地被法律规定和限制。
总的来说，协议离婚适合于夫妻双方关系良好，已达成共识的情况下，而法院协议离婚则更适合于有矛盾的夫妻以及法律规定更加保障利益的情况下。
