长年分居是指夫妻双方虽然还没有正式离婚，但已经分别在不同的城市或者国家居住，彼此之间已经没有了夫妻关系。在这种情况下，如果双方都已经有了离婚的意愿，可以通过起诉离婚协议来结束婚姻关系。
首先，双方需要协商好离婚协议的各项内容，包括财产分割、抚养子女、探视权、赡养等问题。如果无法达成一致，可以寻求律师的帮助进行调解。
其次，起诉离婚协议需要准备相关材料，包括婚姻证书、身份证、户口簿、离婚协议书等，并向当地法院提起诉讼。
最后，法院会召开离婚庭审，双方需要到场出席。如果离婚协议符合法律规定，法院会判决离婚。判决生效后，双方可以办理离婚手续。
总之，长年分居夫妻可以通过起诉离婚协议来结束婚姻关系，但需要协商好离婚协议的各项内容，并准备相关材料向法院提起诉讼。
