如果房产证上注明了协议离婚，那么在处理该房产时，应该遵循协议离婚协议中的规定。通常情况下，协议离婚协议中会明确双方对房产的分割方案，例如某一方可以选择保留房产，或者双方都有权平等分配房产的价值等等。因此，在处理房产问题时，双方应该尊重协议离婚的约定，遵循协议的规定处理房产。
如果房产证上注明协议离婚但协议没有详细规定房产的分割方案，双方可以协商或者寻求法律诉讼解决问题。一般情况下，法院会依据离婚协议的执行情况，综合考虑双方的利益和房产的情况，进行判决，最终决定如何处理房产。
一些需要注意的事项包括：首先要确认房产证上注明的协议是双方真实意愿的结果，其次要检查协议中是否针对房产有明确的分配。最后，在解决纠纷的过程中，双方要尊重彼此的权利，不要扰乱社会秩序，遵循法律程序，保护自己的合法权益。
