是的，法院协议离婚需要立案。
首先，离婚是一项法律程序，需要依照国家法律法规的规定进行。协议离婚是指离婚当事人在达成一致协议的前提下，向法院提交书面离婚协议，经过审查确认后，发生法律效力的离婚方式。因此，由于法院协议离婚需要经过审查确认才能生效，所以需要进行立案。
其次，立案是指将一件案件记录在法院的法律文书上，使其具有法律效力的过程。如果离婚当事人没有立案便进行协议离婚，那么该离婚协议就没有法律效力，不受法律保护，容易发生后续争议和问题，给双方当事人带来不必要的麻烦和损失。因此，为了保证协议离婚的合法性和有效性，需要将离婚协议进行立案。
最后，立案也是一种法律保护措施，可以保护离婚当事人的合法权益。经过立案，离婚当事人的离婚协议将被司法机关确认有效，一旦发生争议或纠纷，法院可以根据立案记录进行调解或判决，保障当事人的合法权益。因此，对于法院协议离婚，为了保护当事人的权益和确保离婚协议的有效性，需要进行立案。
